RedEAmérica está regida por la Asamblea General de todos sus miembros, la cual nombra una Junta Directiva que se encarga de orientar el desarrollo de las actividades propuestas por la Asamblea.
Sus miembros actuales están agrupados en Nodos Nacionales compuestos por los miembros de la Red en cada país. Cada Nodo pone a consideración de la Asamblea anual de RedEAmérica el nombre del representante del Nodo a la Junta Directiva.
La Dirección Ejecutiva es la instancia ejecutiva de la Red y responde a la Junta Directiva.